9 Hội Thánh Cao Đài có tổ chức Giáo hội được chính quyền công nhận về tổ chức[4] Cao Đài mười hai chi phái
Hội Thánh Cao Đài Tiên Thiên (Quyết Định số 51/QĐ/TGCP ngày 29/7/1995 của Ban Tôn Giáo Chính phủ). Còn gọi là Hội Thánh Tiên Thiên ở Bến Tre, do Giáo sư Lê Kim Tỵ sáng lập.
Hội Thánh Cao Đài Chiếu Minh Long Châu (Quyết Định số 1562/QĐ.CT.HC.96 ngày 27/7/1996 của UBND tỉnh Cần Thơ). Còn gọi là Chiếu Minh Đàn do Ngài Ngô Văn Chiêu sáng lập.
Hội Thánh Cao Đài Minh Chơn Đạo (Quyết Định số 39/QĐ/TGCP ngày 02/8/1996 của Ban Tôn Giáo Chính phủ). Còn gọi là Tòa Thánh Ngọc Sắc ở tỉnh Bạc Liêu, do Chưởng Pháp Trần Đạo Quang xây dựng, tiếp nối là Ông Cao Triều Phát.
Hội Thánh Truyền giáo Cao Đài (Quyết Định số 40/QĐ/TGCP ngày 24/9/1996 của Ban Tôn Giáo Chính phủ). Còn gọi là Trung Hưng Bửu Tòa tại TP. Đà Nẳng.
Hội Thánh Cao Đài Tây Ninh (Quyết Định số 10/QĐ/TGCP ngày 09/5/1997 của Ban Tôn Giáo Chính phủ). Còn gọi là Tòa Thánh Tây Ninh, nguồn gốc Đạo Cao Đài.
Hội Thánh Cao Đài Ban Chỉnh Đạo (Quyết Định số 26/QĐ/TGCP ngày 08/8/1997 của Ban Tôn Giáo Chính phủ). Còn gọi là Hội Thánh Bến Tre của Giáo Tông Nguyễn Ngọc Tương.
Hội Thánh Cao Đài Bạch Y (Quyết Định số 2363/1998/QĐ-UB ngày 08/7/1998 của UBND tỉnh Kiên Giang). Còn gọi là Tòa Thánh Ngọc Kinh ở tỉnh Kiên Giang.
Hội Thánh Cao Đài Chơn Lý (Quyết Định số 16/2000/QĐ-TGCP ngày 14/3/2000 của Ban Tôn Giáo Chính phủ). Còn gọi là Tòa Thánh Minh Chơn Lý ở Mỹ Tho, do Phối Sư Nguyễn Văn Ca thành lập.
Hội Thánh Cao Đài Cầu Kho Tam Quan (Quyết Định số 199/2000/QĐ-TGCP ngày 28/4/2000 của Ban Tôn Giáo Chính phủ). Còn gọi là Tòa Thánh Cầu Kho ở tỉnh Bình Định – Qui Nhơn.
